Video introduction to ELIXIR je nyní dostupné na stránkách ELIXIR. Další videa o konkrétních oblastech činnosti v rámci ELIXIR budou následovat v příštích měsících.
Archiv pro rubriku: Spolupráce
ELIXIR CZ konference 2016
Na první výroční konferenci ELIXIR CZ Robert Pergl a Marek Suchánek přednesli příspěvek „Cesta k FAIR Data“. Více informací o ELIXIR CZ, naši prezentaci a fotografie si můžete pohlédnout níže…
ELIXIR_CZ_2016_FAIR_en_v4Hledáme vývojáře IS FIT
Hledáme studenty pro vývoj našeho IS FIT, který vyvíjíme společně s CZM, např. systém Zavěrečné práce:
Vývoj v BPM obnáší především programování v jazyku JavaScript (serverová i klientská část), integrace na perzistentní úložiště a integrace s dalšími systémy na FIT nebo ČVUT. Procesy se zakreslují v BPMN notaci přizpůsobené IBM.
Navštívili jsme Formetis Consultants
Formetis Consultants, náš holandský průmyslový partner a sponzor, pozval studenty pracující na tématech enterprise engineering do jejich centrály v Bextelu, Nizozemsku. Prezentovali jsme naši práci a na oplátku jsme dostali cennou zpětnou vazbu i podporu CEO Stevena van Kervela. Na náš pokrok se přijel podívat také Prof. Jan Dietz. Probíraná témata byla:
- The CIAO! App – diplomová práce Bc. Romana Lánského zaměřená na návrh jednoduché aplikace pro zasílání zpráv a správu úkolů založené na teorii PSI a implementaci prototypu.
- Transformace DEMO modelů do BPMN – diplomová práce Bc. Ondřeje Mráze, která navazuje na práci Ing. Štěpána Hellera: snaha přivést striktnost metody DEMO do světa BPMN a naopak, poskytující intuitivní vizualizaci DEMO transakcí.
- Probíhající práce na Action Model ve Formetis DEMO Engine vytvářené Bc. Markem Skotnicou v rámci jeho diplomové práce.
- Bc. Peter Uhnák prezentoval náš projekt DynaCASE a diskutovali jsme součinnost s DEMO Engine.
Měli jsme také velmi příjemnou společenskou akci se skvělým belgickým pivem :-). Děkujeme Vám, Formetis, za Vaši milou podporu a pohostinnost!
Máš zájem? Podívej se na nabízená témata a/nebo kontaktuj robert.pergl@fit.cvut.cz
ČVUT se stalo členem konsorcia ELIXIR-CZ
Infrastruktura ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) vznikla za účelem vytvoření a propojení distribuované výzkumné infrastruktury pro skladování, zpracování a analýzu dat z živých věd (Life Sciences). Reaguje na rostoucí potřeby výzkumné komunity, která generuje velký a exponenciálně rostoucí objem dat, která je třeba uchovávat, efektivně z nich extrahovat klíčové informace a zpřístupňovat. Česká republika se stala jedním z prvních členů konsorcia a v současné době je zapojena do řady aktivit v rámci konsorcia.
Bioinformatika má na ČVUT svoje pevné místo, především v podobě Fakulty biomedicínského inženýrství i aktivit na dalších fakultách. Na FIT se jedná o výzkum vyhledávání komprese sekvencí DNA pomocí slovníkových metod a přibližné vyhledávání vzorů v genomech (výzkumná skupina Pražský stringologický klub). Nejnověji se do aktivit zapojilo i Centrum pro konceptuální modelování a implementace, které zahájilo spolupráci v rámci ELIXIR-CZ na zvýšení interoperability bioinformatických dat – snahu, která je velmi aktuální např. v Holandsku, Slovinsku a dalších zemích infrastruktury ELIXIR. Posun v této oblasti představuje především aplikování ontologických metod v kombinaci se softwarovými nástroji.
ELIXIR-CZ čeká v roce 2016 velký rozvoj jak řešených témat, tak infrastruktury (technologie, spolupráce, projekty, financování). Zapojení ČVUT a FIT přináší významné příležitosti pro naše výzkumníky i studenty.
Převzato z fakultního časopisu Buď FIT (podzim 2015, strana 34)
ESUG 2015
Zúčastnili jsme se letošního ročníku hlavní události skupiny evropských uživatelů Smalltalku (European Smalltalk Users’ Group), která se konala v Brescii, Itálie. Ačkoliv bylo velké horko, konference byla COOL! Tolik velkých věcí běží na Smalltalku! Mobilní síť Islandu, výroba procesorů a samozřejmě spousta business systémů. Pharo opravdu jede, masivně se vyvíjí Pharo 5, jsou naplánované skvělé věci. Úžasné věci – určitě chcete kouknout na GT Tools! Více retweetnuto na @RobertPergl.
Náš projekt DynaCASE prezentovali jeho hlavní programátoři — Peter Uhnák a Honza Blizničenko — a získal hodně pozornosti komunity. Michal Balda prezentoval svůj Querrier — nový dotazovací databázový systém pro Pharo inspirovaný NotORM.
Pokud jste tuto akci zmeškali, nesmutněte! ESUG 2016 bude v Praze, organizovaný FITem & CCMi ;-).
Proběhl workshop EOMAS 2015
V rámci multikonference CAiSE’15 proběhl workshop EOMAS pořádaný CCMi. Akce se konala ve dnech 8. až 9. června 2015 ve Stockholmu (Švédsko). Jednalo se již o 11. mezinárodní workshop zabývající se rolí, významem a aplikací modelování i simulací v rozšířeném organizačním a podnikovém kontextu.
EOMAS má za cíl stát se významným odbytištěm a sítí výzkumných pracovníků, lidí z praxe a pedagogů zainteresovaných ve vývoji a aplikaci modelování i simulace. Více o EOMAS se můžete dočíst na stránkách ccmi.fit.cvut.cz/eomas/.
Mezi organizátory workshopu EOMAS za CCMi jsou:
- Robert Pergl (General Chair),
- Joseph Barjis (General Chair),
- Vojtěch Merunka (Program Co-Chair),
- Martin Molhanec (Program Co-Chair) a
- Petr Kroha (International Program Committee Member).
Již 27. ročník mezinárodní konference CAiSE’15 (Conference on Advanced Information Systems Engineering), konající se tamtéž, navštívilo takřka 300 vědců, pedagogů a dalších lidí zabývajících se inženýrstvím pokročilých informačních systémů. Více informací o konferenci (včetně sborníků) si můžete přečíst na caise2015.dsv.su.se.
Články CCMi v časopise Buď FIT
V jarním čísle fakultního časopisu Buď FIT si můžete přečíst články od CCMi:
- Pátý ročník konference Enterprise Engineering Working Conference v Praze (str. 4–5)
Autor: Ing. Robert Pergl, Ph.D. - Na FIT vzniká CASE/CABE nástroj nové generace (str. 6)
Autor: Ing. Robert Pergl, Ph.D. - Spolupráce s firmou Codiscent na projektivních technologiích (str. 7)
Autoři: Ing. Robert Pergl, Ph.D. a Mgr. Ondřej Dvořák - IT a disciplína Enterprise Engineering (str. 19–21)
Autoři: Ing. Robert Pergl, Ph.D. a Ing. Pavel Krejčí
Více na stránkách časopisu. (PDF)
Nabídka doktorského studia v oblasti bioinformatiky
Laboratoř bioinformatiky Mikrobiologického ústavu AV ČR nabízí doktorské studium – informace.
Vývoj a implementace vědeckých bioinformatických aplikací
Konkurz Laboratoře bioinformatiky MBÚ AVČR. Více v příloze.