Archiv pro měsíc: Únor 2016

Bioinformatika aneb jak se dělá biologie v počítači?

Dovolujeme si Vás pozvat na Informatický večer FIT – Bioinformatika aneb jak se dělá biologie v počítači?, který se bude konat 22. 2. 2016 od 18:00 v posluchárně T9:111 (NB ČVUT).

Počítač se stal velmi mocným nástrojem v bádání biologů. Moderní biologie totiž produkuje enormní množství dat, která je třeba ukládat, kódovat a starat se o ně, ale především je interpretovat a analyzovat. A právě skloubení informatických postupů s biologickými vědami dalo vzniknout nové vědní oblasti známé pod názvem bioinformatika. Bioinformatika významným způsobem napomáhá při objevování podstaty a fungování přírody a představuje i velké naděje v boji s genetickými poruchami, nebezpečnými chorobami a dalšími výzvami dnešní společnosti.

Nutnost udržovat biologická data, podporovat přírodovědný výzkum a jeho poznatky přenášet do lékařství, zemědělství či biotechnologií si vyžádala vznik evropské infrastruktury ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information), která zastřešuje celou oblast práce s bioinformatickými a life science daty. V České republice vznikl velmi aktivní uzel ELIXIR-CZ. Představíme vám vizi a plány ELIXIR a ELIXIR-CZ a možnosti zapojení do projektů pro bioinformatiky i čisté informatiky. Na přednášce dále bude prezentován bakalářský a magisterský studijní obor Bioinformatika, který je společným dílem VŠCHT, FITu a Akademie věd ČR.

Vyvrcholením večera bude zajímavá praktická ukázka práce bioinformatika, kterou představí Dr. Pačes. Hostem přednášky bude Ing. Robert Pergl, Ph.D., který představí zapojení výzkumé skupiny CCMi při Katedře softwarového inženýrství FIT ČVUT do ELIXIR-CZ.

Informatický večer - Bioinformatika

ČVUT se stalo členem konsorcia ELIXIR-CZ

ELIXIR-CZ logo

Infrastruktura ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) vznikla za účelem vytvoření a  propojení distribuované výzkumné infrastruktury pro skladování, zpracování a analýzu dat z živých věd (Life Sciences). Reaguje na rostoucí potřeby výzkumné komunity, která generuje velký a exponenciálně rostoucí objem dat, která je třeba uchovávat, efektivně z nich extrahovat klíčové informace a zpřístupňovat. Česká republika se stala jedním z prvních členů konsorcia a v současné době je zapojena do řady aktivit v rámci konsorcia.

Bioinformatika má na ČVUT svoje pevné místo, především v podobě Fakulty biomedicínského inženýrství i aktivit na dalších fakultách. Na FIT se jedná o výzkum vyhledávání komprese sekvencí DNA pomocí slovníkových metod a přibližné vyhledávání vzorů v  genomech (výzkumná skupina Pražský stringologický klub). Nejnověji se do aktivit zapojilo i Centrum pro konceptuální modelování a implementace, které zahájilo spolupráci v  rámci ELIXIR-CZ na zvýšení interoperability bioinformatických dat – snahu, která je velmi aktuální např. v Holandsku, Slovinsku a dalších zemích infrastruktury ELIXIR. Posun v této oblasti představuje především aplikování ontologických metod v kombinaci se softwarovými nástroji.

ELIXIR-CZ čeká v  roce 2016 velký rozvoj jak řešených témat, tak infrastruktury (technologie, spolupráce, projekty, financování). Zapojení ČVUT a FIT přináší významné příležitosti pro naše výzkumníky i studenty.

Robert Pergl

Převzato z fakultního časopisu Buď FIT (podzim 2015, strana 34)